人体感染淋球菌后，不是马上发病，要经过一段时间的潜伏期，通常情况下，淋病的潜伏期在1到14日，男性的潜伏期较短，大多数在2到5日后出现临床症状，而女性的潜伏期略较男性长，大多数在淋球菌感染后7到10日出现临床症状，潜伏期的长短与淋球菌的毒力与数量、机体免疫力、药物和酗酒有关，不规则使用抗生素类药物，可使淋病的潜伏期延长；酗酒可使淋球菌的潜伏期缩短。
男性。在潜伏期之后开始引起前尿道症状，出现尿道口粘膜红肿，其红肿的程度可轻可重，多数为逐渐加重。与此同时，出现尿道口及前尿道发痒、轻微刺痛，并有稀薄透明粘液自尿道口流出。在发病后24小时内，尿道口流出的液体变为粘稠的黄色或黄绿色脓液，有时呈丝状，量也逐渐增多，极少数患者脓液中带有血液或血丝。此时尿道刺激症状明显，有尿道内灼热感、刺痛及尿痛，严重者可因尿道黏膜水肿等明显炎症及排尿困难。前尿道症状在病情开始后第一周明显，随后，即使不治疗，其症状也会逐渐减轻。但此时若未经治疗，淋球菌感染继续向后尿道蔓延，从而引起后尿道炎症。
后尿道炎症表现为尿频、尿痛，一昼夜排尿次数可达数十次，夜间尤重，尿痛特点是排尿快要结束时，疼痛呈针刺状，向会阴及肛门放射，严重的出现终末血尿。感染波及后尿道时，很容易向周围组织与器官蔓延，继发前列腺炎、附睾炎等。
女性。女性淋病的尿道炎症状不像男性那样明显，病程短，症状轻，约20%的患者无症状。在急性尿道炎时，发病极易波及周围组织，引起尿道旁腺炎、前庭大腺炎或前庭大腺脓肿，子宫颈亦易受累，引起脓性分泌物排出增多，并可很快蔓延到子宫内膜，发生子宫内膜炎。由于月经，淋球菌随子宫内膜周期性脱落，因此子宫内膜炎易转为慢性，淋球菌从子宫内膜可进一步蔓延至输卵管、甚至盆腔腹膜，发生急性输卵管炎或腹膜盆腔炎，引起输卵管狭窄，蠕动减弱，导致宫外孕，如炎症在急性期得不到有效治疗，可转为慢性输卵管炎症，可使输卵管产生广泛粘连和闭塞，导致不孕症。
女性淋病主要发生在子宫颈内，而尿道的感染机会相对少些。淋菌性宫颈炎常无特殊感觉，可有白带增多或外阴刺痒感，偶有下腹部或腰骶部疼痛。窥阴器检查可见阴道和子宫颈粘膜充血、水肿、糜烂，接触易出血，有黄色脓性分泌物流出。女性淋病发生尿道炎时，与男性淋病一样，可以出现尿痛、尿频、尿道口红肿，有脓性分泌物。但由于女性尿道短而宽，粘膜面积小，尿道炎症状往往比男性轻的多或无症状。
慢性淋病。多因淋病未经治疗或未及时治疗，或治疗不彻底，淋球菌潜伏在尿道黏膜、尿道旁腺和尿道隐窝等部位引起。某些免疫功能低下患者在病情一开始即可表现为慢性经过。
通常认为淋菌性尿道炎症状持续两个月以上则转为慢性表现，其患者的主观、客观症状均较急性淋病轻，尿道常有痒感、刺痒感或刺痛，有的患者表现为尿道灼热感，排尿时疼痛，尿流变细、排尿无力，有滴尿现象，尿不净。尿道时有少量稀薄或粘稠淡黄色液致尿道口溢出。在女性，尚可表现出下腹部坠胀感、腰痛、腰酸胀以及白带增多等症状。
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